Evaluación de la espectrometría de masas: MALDI-TOF MS para la identificación rápida y confiable de levaduras / Evaluation of mass spectrometry: MALDI-TOF MS for fast and reliable yeast identification

La espectrometría de masas, conocida como matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS), es una técnica utilizada en la identificación de microorganismos mediante la creación de un espectro basado en el perfil de proteínas, que es único para una especie dada. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la identificación de aislamientos clínicos de levaduras por MALDI-TOF MS en un hospital universitario de Argentina y analizar 2 procedimientos para la extracción de proteínas: el recomendado por el fabricante del equipo y una técnica abreviada rápida. Utilizando el primero de estos procedimientos se analizaron 201 aislamientos identificados previamente por métodos convencionales y se obtuvo coincidencia en la identificación a nivel de especie en el 95,38% de los aislamientos analizados. Con 100 de estos aislamientos se utilizó, además, el procedimiento abreviado para la extracción de proteínas; se obtuvo una identificación correcta a nivel de género y especie en el 98,0% de ellos. La espectrometría de masas MALDI-TOF MS demostró ser una técnica rápida, sencilla y precisa para la identificación de levaduras

The matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry technique known as MALDI-TOF MS is a tool used for the identification of clinical pathogens by generating a protein spectrum that is unique for a given species. In this study we assessed the identification of clinical yeast isolates by MALDI-TOF MS in a university hospital from Argentina and compared two procedures for protein extraction: a rapid method and a procedure based on the manufacturer's recommendations. A short protein extraction procedure was applied in 100 isolates and the rate of correct identification at genus and species level was 98.0%. In addition, we analyzed 201 isolates, previously identified by conventional methods, using the methodology recommended by the manufacturer and there was 95.38% coincidence in the identification at species level. MALDI TOF MS showed to be a fast, simple and reliable tool for yeast identification

Utilidad de la espectrometría de masas MALDI-TOF en la identificación de bacterias anaerobias / Utility of MALDI-TOF MS for the identification of anaerobic bacteria

El análisis de espectrometría de masas mediante la metodología hoy conocida como MALDI-TOF MS (Matrix-assited laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) se ha convertido en un recurso de referencia para la identificación de microorganismos en microbiología clínica. No obstante, los datos relativos a algunos grupos de microorganismos son todavía controvertidos. El objetivo del presente estudio fue determinar la utilidad del MALDI-TOF MS para la identificación de aislamientos clínicos de bacterias anaerobias. Se analizaron 106 aislamientos de bacterias anaerobias mediante MALDI-TOF MS y por pruebas bioquímicas convencionales. En aquellos casos en los que la identificación por metodología convencional no era aplicable o frente a una discordancia de resultados entre las metodologías citadas, se realizó la secuenciación del gen 16S del ARNr. El método convencional y el MALDI-TOF MS coincidieron a nivel de género y especie en un 95,3 % de los casos considerando la totalidad de los aislamientos estudiados. Al considerar solo el conjunto de los bacilos gram negativos, la coincidencia fue del 91,4 %; entre los bacilos gram positivos, fue del 100 %; los 8 aislados de cocos gram positivos estudiados coincidieron y también hubo coincidencia en el único coco gram negativo incluido. Los datos obtenidos en este estudio demuestran que el MALDI-TOF MS ofrece la posibilidad de llegar a una adecuada identificación de bacterias anaerobias

The analysis by MALDI-TOF MS (Matrix-assited laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) has become a reference method for the identification of microorganisms in Clinical Microbiology. However, data on some groups of microorganisms are still controversial. The aim of this study is to determine the utility of MALDI-TOF MS for the identification of clinical isolates of anaerobic bacteria. One-hundred and six anaerobic bacteria isolates were analyzed by MALDI-TOF MS and by conventional biochemical tests. In those cases where identification by conventional methodology was not applicable or in the face of discordance between sequencing methodologies, 16 S rRNA gene sequence analysis was performed. The conventional method and MALDI-TOF MS agreed at genus and species level by 95.3 %. Concordance in gram-negative bacilli was 91.4% and 100% among gram-positive bacilli; there was also concordance both in the 8 isolates studied in gram-positive cocci and in the single gram-negative cocci included. The data obtained in this study demonstrate that MALDI-TOF MS offers the possibility of adequate identification of anaerobic bacteria

Bacteriemia por Vibrio cholerae no-O1, no-O139 en un paciente en hemodiálisis crónica / Non-O1, non-O139 Vibrio cholerae bacteremia in a chronic hemodialysis patient

Vibrio cholerae no-O1, no-O139 es un agente poco frecuente como causal de bacteriemias y no hay informes que documenten su presencia en pacientes en hemodiálisis crónica. Se describe el caso de una paciente en hemodiálisis crónica que presentó un cuadro de sepsis, por lo cual inició un tratamiento con vancomicina y ceftacidima. Al cabo de seis horas y media de incubación en el sistema BACT/ALERT de hemocultivo, se evidenció la presencia de bacilos curvos gram negativos, posteriormente identificados como Vibrio cholerae mediante pruebas bioquímicas convencionales y el uso de los kits API 20 NE y VITEK 2. La evaluación del serogrupo y de la presencia de factores de patogenicidad, realizada en el laboratorio de referencia, determinó que el microorganismo hallado pertenecía al serogrupo no-O1, no-O139. No se detectó la toxina de cólera, tampoco el factor de colonización ni la toxina termoestable. El aislamiento presentó sensibilidad frente a ampicilina, trimetoprima-sulfametoxazol, ciprofloxacina, tetraciclina, ceftacidima y cefotaxima por el método de difusión con discos y por VITEK 2. La paciente cumplió 14 días de tratamiento con ceftacidima endovenosa, con evolución favorable.

Non-O1, and non-O139 Vibrio cholerae is an infrequent cause of bacteremia. There are no reports of such bacteremia in chronic hemodialysis patients. This work describes the case of a chronic hemodialysis patient that had an episode of septicemia associated with dialysis. Blood cultures were obtained and treatment was begun with vancomycin and ceftazidime. After 6.5 hours of incubation in the Bact/Alert system there is evidence of gram-negative curved bacilli that were identified as Vibrio cholerae by conventional biochemical tests, API 20 NE and the VITEK 2 system. This microorganism was sent to the reference laboratory for evaluation of serogroup and virulence factors and was identified as belonging to the non-O1 and non-O139 serogroup. The cholera toxin, colonization factor and heat-stable toxin were not detected. The isolate was susceptible to ampicillin, trimethoprim-sulfamethoxazole, ciprofloxacin, tetracycline, ceftazidime and cefotaxime by the disk diffusion method and the VITEK 2 system. The patient received intravenous ceftazidime for a 14 day- period and had a favorable outcome.

Absceso cerebral posquirúrgico causado por Propionibacterium acnes / Post-surgery cerebral abscess due to Propionibacterium acnes

Los abscesos cerebrales por Propionibacterium acnes son poco frecuentes. Es importante para el médico clínico la rápida identificación de este patógeno para la elección de una terapéutica antibiótica adecuada. En este caso se describe un paciente con una exéresis de un glioblastoma multiforme donde a los 9 meses se evidenció la existencia de una recidiva tumoral, se efectuó una extirpación tumoral subtotal y la colocación de implantes de quimioterapia en el lecho tumoral residual. Al cabo de un mes de esta reoperación presentó una lesión ocupante compatible con un absceso cerebral, motivo por el cual se realizó nueva craneotomía y drenaje del mismo. En los cultivos de las biopsias y del material purulento se aisló P. acnes como flora única. Para la identificación se realizaron pruebas bioquímicas y se aplicó el sistema API20A. Se determinó la concentración inhibitoria mínima (CIM) a clindamicina, penicilina, amoxicilina y metronidazol, los valores de CIM (ug/ml) obtenidos fueron: 0.250, 0.040, 0.023 y 256, respectivamente. El paciente recibió cefepime más metronidazol por vía endovenosa durante un período de 30 días y completó tratamiento con clindamicina por vía oral durante 60 días, dada la posible complicación ósea en el sitio de la infección. Luego de 8 meses de la intervención quirúrgica y el drenaje del absceso cerebral no hubo evidencia de signos clínicos de recidiva tumoral e infecciosa. P. acnes es un patógeno infrecuente como causal de abscesos cerebrales, sin embargo no se debe desestimar en muestras neuroquirúrgicas.

Brain abscesses by Propionibacterium acnes are rare. The rapid identification of this pathogen is important in order to choice the appropriate antibiotic therapy. We describe the case of a patient with excision of a multiform glioblastoma who 9 months later presented a tumor recurrence. A subtotal tumor excision was made and implants chemotherapy were placed in the residual tumor. After one month of surgery the patient presented a brain abscess. A craniotomy for drainage was performed. P. acnes was isolated from the biopsy and from purulent material. Identification was made by conventional biochemical tests and by the API system 20 A. The Minimum Inhibitory Concentration (MIC) to clindamycin, penicillin, amoxicillin and metronidazole was determined. The values of MIC (ug/ml) obtained were: 0.250, 0.040, 0.023 and 256, respectively. The patient received cefepime and metronidazole intravenously during 30 days and completed treatment with oral clindamycin for 60 days, considering the possibility of adjacent bone involvement. Eight months after the drainage the patient had no evidence of infection or tumor recurrence. Although P. acnes is a rare cause of post-neurosurgical infection, it should be considered as a possible pathogen in postoperative brain abscesses.